Les préfets représentent l'État dans le département ou la région où ils sont nommés et dans lequel ils dirigent les services déconcentrés des administrations civiles de l'État, sauf exceptions. Leurs missions sont nombreuses et les attentes à leur égard importantes. Dans un rapport diffusé récemment, la Cour des Comptes s'est interrogée sur leur capacité à remplir ces missions, à la suite des réductions d'effectifs (4 748 emplois supprimés entre 2010 et 2020) et des réorganisations intervenues.

La Cour a constaté l'importance maintenue du rôle joué par les préfets, s'agissant de la coordination des services de l'État, des relations avec les collectivités territoriales et de la gestion des crises, notamment au cours la période récente (gilets jaunes, pandémie).
Le ministère de l'Intérieur peine cependant à stabiliser une vision de son réseau préfectoral : il a successivement affirmé au cours de la dernière décennie la prééminence du niveau régional, puis engagé un retour à l’échelon départemental, après la constitution des grandes régions et le besoin de proximité révélé par la gestion de crises successives.
Cette vision comporte en outre de nombreux angles morts : l’échelon de la zone de défense et de sécurité ne fait pas l’objet d’une définition suffisamment précise des missions qui lui sont confiées et la réflexion sur les missions des sous-préfets d’arrondissement est au point mort.
La Cour a relevé que des missions essentielles des préfectures sont fragilisées par une décennie de réductions d'emplois, plus particulièrement celles au service direct du public, comme la délivrance des titres (cartes d’identité, passeports, etc.) ou l'accueil et le séjour des étrangers. Sur ce point, la situation de la préfecture des Alpes-Maritimes, particulièrement exposée à la problématique migratoire, a été examinée. Les contrôles de légalité et budgétaire des actes des collectivités locales, missions confiées au Préfet par l’article 72 de la Constitution, sont également en difficulté. La Cour a enfin constaté un recours excessif à des personnels recrutés sur des contrats de courte durée.
Concernant le rôle de coordination du préfet au niveau territorial, la Cour souligne qu’il est affaibli par les interventions directes des administrations centrales et qu’il doit composer avec l'action des agences publiques et opérateurs.
Les nouveaux outils de gestion mutualisée des moyens n'ont, à ce stade, pas permis d'améliorer l'efficacité de la gestion des préfectures. Notamment la mise en place des secrétariats généraux communs départementaux, créés en 2021, a été particulièrement difficile. La Cour émet dans ses conclusions 13 recommandations, qui visent donc à conforter davantage la capacité d'action des préfets.

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