Le 27 janvier 2015, à l'issue d'une enquête relative à l'allocation des moyens de l'État aux universités sur la période 2007-2012, la Cour des comptes a rendu public un référé dans lequel elle déplore notamment que les modes d'allocation des moyens ne permettent pas à l’État d'assurer un pilotage stratégique de l'enseignement supérieur et pointe l’absence de procédure de consolidation et de suivi, en particulier dans le domaine immobilier.
En conclusion, la Cour des comptes formule cinq recommandations :
1 - Mettre en place une procédure de consolidation des données au niveau des sites et au niveau national.
2 - Revoir l'organisation du programme 150 sur les points suivants : découpage par actions, méthodes de calcul de la répartition des crédits entre les actions, affectation de la masse salariale entre l'enseignement et la recherche, identification des dépenses relatives à l'immobilier.
3 - Assurer la traçabilité de l'utilisation des crédits extrabudgétaires et des bénéficiaires finaux de ces crédits.
4 - Assurer la connaissance des crédits effectivement consacrés par les établissements universitaires à la maintenance de leur patrimoine.
5 - Intégrer une partie de la masse salariale dans l'enveloppe du modèle d'allocation des moyens.
Des financements de l'État peu intelligibles
L'essentiel des crédits alloués aux universités est inscrit sur le programme 150 de la mission interministérielle Recherche et enseignement supérieur (MIRES). Ce programme ne retraçait, jusqu'au projet de loi de finances pour 2014, que très imparfaitement les crédits alloués aux universités stricto sensu, et sa déclinaison par actions demeure encore aujourd'hui largement artificielle. La Cour a ainsi rencontré d'importantes difficultés pour déterminer les montants alloués chaque année par l'État aux universités et pour en apprécier précisément les évolutions sur la période étudiée.

Elle souligne également que le découpage par actions est faiblement lisible et peu opérationnel. La répartition des crédits entre les actions, ainsi que l'affectation de la masse salariale entre l'enseignement et la recherche «relèvent de méthodes de calcul conventionnelles qui ne correspondent pas à une réalité mesurée ». En outre, il est impossible, à la seule lecture des documents budgétaires, de déterminer la réalité de certaines dépenses, comme par exemple celles relatives à l'immobilier.
Enfin, le resserrement du nombre d'objectifs, louable en soi, a été réalisé par le biais de multiples regroupements et reformulations qui ne facilitent pas la comparaison d'un exercice à l'autre. « Les indicateurs sont nombreux et instables et révèlent la faiblesse des outils d'évaluation. » Toutefois, la Cour relève, à compter de la loi de finances pour 2014, une amélioration substantielle de la présentation des crédits alloués aux universités avec désormais une ventilation de ces crédits université par université.
Des sources de financement multiples non consolidées
Alors que les financements budgétaires et extrabudgétaires ont augmenté sur la période 2007-2012, « le ministère chargé de l'enseignement supérieur est dans l'incapacité de connaître le niveau réel des ressources des universités, faute d'un système fiable de remontée d'informations » déplore la Cour des comptes. Les financements de l'État…
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